Skazany morderca Callum Lynch (Michael Fassbender) zostaje mimowolnie zwolniony z celi śmierci, by stać się częścią wielowiekowej walki pomiędzy Asasynami, Templariuszami i hiszpańskimi Inkwizytorami. Jego nowym więzieniem jest tajna placówka Abstergo wyposażona w rewolucyjną technologię Animus, która odkrywa genetyczne wspomnienia w ludzkim DNA, pozwalając mu na powrót i ponowne przeżycie utraconych w przeszłości wspomnień przodków.
Dzięki Animusowi Callum łączy się ze swoim przodkiem żyjącym w Granadzie i Sewilli podczas hiszpańskiej inkwizycji w XV wieku. Nazywa się Aguilar de Nerha i jest członkiem Bractwa Asasynów, które od kilku stuleci prowadzi tajną wojnę z Zakonem Templariuszy, swoim odwiecznym wrogiem.
Tajna organizacja Asasynów stara się chronić wolną wolę ludzkości i próbuje zapobiec przejęciu przez Templariuszy, z pomocą Inkwizycji, potężnego artefaktu zwanego Rajskim Jabłkiem. I to właśnie ten artefakt jest według Templariuszy narzędziem, które pozwoli im kontrolować cały świat...
